Há muitos séculos atrás, havia uma época em que, no Japão, viviam em harmonia, bruxos, trouxas (humanos não-mágicos) e Youkais, seres místicos que, naquela época, conviviam em relativa pacificação com os humanos.
Porém, quando o Japão entrou em guerra civil, essa paz se dissipou rapidamente. Com destruição para todos os lados, isso incitou os Youkais, antes mais tolerantes a serem mais hostis aos humanos, matando tanto bruxos quanto trouxas.
Os trouxas não podiam enfrentar os youkais e eram alvos fáceis, enquanto que os bruxos se defendiam como podiam, mas muitas vezes também se tornavam vítimas dos Youkais. Sendo assim os Trouxas e Bruxos fizeram uma aliança para tentar enfrentar os Youkais.
Após muita guerra e sangue derramado de todos os lados, veio a solução: Os bruxos encontraram um modo de banir os Youkais para uma outra dimensão, de modo que não pudessem mais fazer mal. Foi preciso muito sacrifício por parte dos bruxos, sendo que este ritual custou a vida do bruxo mais poderoso da época, Gatsuri Ohayashi, que até os tempos atuais ainda é homenageado pelos bruxos como o herói da raça humana por ter se sacrificado para mandar os youkais para essa outra dimensão.
Assim, depois que os Youkais foram aprisionados em uma outra dimensão imaginava-se que todos poderiam voltar a ter paz, mas não foi bem o que aconteceu. Os trouxas, apesar de agradecidos pelo que os bruxos fizeram para prender os youkais, começaram a perceber que os bruxos eram poderosos demais. Assim, a idéia da inquisição pareceu tentadora quando chegou aos ouvidos dos japoneses, vinda da Europa.
Começou, então, a "caça as bruxas", onde os trouxas queimavam em fogueiras todos aqueles que fossem bruxos (ou que eles achavam que eram bruxos), o que obrigou os bruxos a se esconderem.
Com o medo de serem descobertos, cada vez mais os bruxos evitavam passar conhecimento mágico, com medo de que pudessem ser descobertos e assim a magia parecia estar fadada a desaparecer. Porém um grupo de jovens bruxos de talento considerável teve a idéia que poderia salvar a magia. Porque não construir uma escola, um local onde jovens bruxos pudessem aprender magia sem o risco de serem descobertos pelos trouxas? Esta idéia tinha surgido dos rumores de bruxos viajantes que diziam que uma idéia muito parecida estava se consolidando na Europa.
Os cinco bruxos que resolveram a colocar em prática eram Takejji Hidaki, um bruxo samurai reconhecido entre o povo mágico, Haku Sakeiji, um Shogun poderoso e hábil estrategista, Izuumi Sumeragi, a princesa de um antigo clã bruxo, Satsuki Zõkori, uma bruxa japonesa que viajou pelo mundo todo acumulando conhecimentos mágicos e Hikaru Umeki, uma bruxa budista.
Haku Sakeiji foi quem encontrou o local e o meio de transportar os alunos até o local onde seria construída a escola. Como Shogun ele tinha conhecimento de muitas coisas e ficou sabendo da existência de uma ilha um pouco afastada no arquipélago japonês desabitada por humanos, onde os habitantes das proximidades acreditavam ser o lar de inúmeros monstros terríveis e se recusavam a ir. Foi ele também que ergueu os feitiços de segurança e organizou a rota que uma embarcação faria para levar e trazer em segurança e sigilo os alunos da escola. Assim estava sendo criada a academia de magia de Shiruiki.
Shiruiki, literalmente "Luz do Saber" tinha, de início, cinco professores, que eram os cinco bruxos fundadores da escola. No começo, bruxos receavam em mandar seus filhos para lá, mas com o tempo a idéia foi ganhando a confiança da comunidade bruxa, e o prestígio da academia aumentando. Em alguns anos era considerado o local mais seguro para um bruxo em todo o Japão.
Cada um dos fundadores apreciava algo nos alunos e era assim que selecionavam os alunos para ensiná-los. Hidaki prezava a coragem e a honra de seus alunos, enquanto que Sakeiji já prezava mais a sagacidade e a capacidade de estratégia. Sumeragi prezava o respeito e gosto pelas tradições e origens, Zõkori a sabedoria, a vontade de aprender sempre mais e Umeki prezava o auto-conhecimento, a busca pela paz consigo mesmo, a harmonia.
Assim, foi instaurada a divisão de casas. Cinco fundadores, Cinco Casas diferentes que prezavam valores diferentes.
Porém algo ainda faltava ser resolvido: e quando se fossem como fariam para selecionar adequadamente os alunos? Quem teve a idéia de como fazer isso foi Hikaru, que enfeitiçou a maior e mais antiga cerejeira do jardim para que, através da energia e pensamentos dos alunos os selecionasse para as casas. Cada casa tinha suas cores características, então as pétalas da árvore tomavam as cores da casa a qual se adequava mais o bruxo em questão. Essa cerejeira foi então batizada de Senzo Sakurazai, a "Cerejeira ancestral".
Muitos séculos se passaram e Shiruiki se tornou a maior e mais prestigiada academia de magia do oriente. Gente de todos os lugares quer vir estudar em Shiruiki por seus altos padrões e variedade distinta de matérias e cursos oferecidos.
Estamos agora no ano de 2087, e algo então está secretamente acontecendo. O portal pelo qual Gatsuri Ohayashi enviou os youkais para outra dimensão está se abrindo, de modo que alguns Youkais mais poderosos, os que possuem a forma humana, conseguiram atravessar o portal de volta a essa dimensão e agora arquitetam secretamente sua vingança contra os bruxos e trouxas que os prenderam. Porém, eles têm receio de novamente serem banidos e por isso agem sigilosamente, eliminando bruxos que eles considerem poderosos o suficiente para reenviá-los para a dimensão da qual acabaram de escapar.
E agora? O que irá acontecer daqui para frente? Os Youkais conseguirão sua vingança? Serão novamente aprisionados? Quando eles vão finalmente se mostrar para a comunidade bruxa? Vários bruxos que poderiam ser uma ameaça já tiveram "acidentes" trágicos nos últimos meses, o que nos faz pensar que o momento em que eles sairão das sombras não está longe.
E você? De que lado está?